공사용역제공 후 용지매매대금에서 차감시 매입세액공제 여부

사업시행자가 지방자치단체에 학교부지 대체 조성공사 용역을 공급하고 그 대가는 지방자치단체로부터 취득할 용지매매대금에서 차감하는 경우, 해당 공사용역은 부가가치세가 과세되는 것으로 지방자치단체에 세금계산서를 발급하는 것이며 해당 공사와 관련하여 하도급업체로부터 발급받은 매입세액은 공제받을 수 있음

[회신] 사업시행자가 지방자치단체에 학교부지 대체 조성공사 용역을 공급하고 그 대가는 지방자치단체로부터 취득할 용지매매대금에서 차감하는 경우, 해당 공사용역은「부가가치세법」제11조에 따라 부가가치세가 과세되는 것으로 지방자치단체에 세금계산서를 발급하는 것이며 해당 공사와 관련하여 하도급업체로부터 발급받은 매입세액은 자기의 매출세액에서 공제받을 수 있는 것입니다. 1. 사실관계 ○ 당사는 지방자치단체가 시행하는 도시개발사업으로 조성되는 재정비촉진지구 내 도시개발1구역의 부동산(이하 ‘본 사업부지’) 지상에 의료시설 및 주상복합건물을 건축 및 분양(이하 ‘본건 사업’)목적으로 설립된 특수목적법인(PFV)임 - 또한 당사는 2011.8.10. 설립된 ‘갑’개발㈜(부동산개발 및 임대업)가 2014.12.30. 설립한 법인세법 제51조의2 (유동화전문회사 등에 대한 소득공제) 제1항 9호에 해당하는 프로젝트금융회사임 ○ 지방자치단체는 2012.3.28. '갑'개발㈜와 기본협약(도시개발1구역 복 합개발사업 사업협약서)을 체결하였고 이에 따라 ‘갑’개발㈜를 도 시개발1구역 복합개발시행자로 지정하였음 - 지방자치단체와 복합개발시행자는 2012.3.28. 기본협약 체결 및 2013.3.21. 기본협약의 변경협약을 2014.3.19. 재 변경협약을 체결함 - ‘갑’개발㈜는 사업협약서에 따른 복합개발시행자의 지위를 포함하여 본건 사업과 관련한 일체의 사업권을 당사에게 양도하는 양수도계 약을 2015.4.1. 체결함 - 지방자치단체과 당사는 본건 사업과 관련하여 본 사업부지를 매매목적물로 하여 2015.4.21. 용지매매계약서를 체결함 ○ 도시개발1구역 복합개발사업 사업협약서 - 제2조(용어의 정의) 17. 학교시설 이전사업이라 함은 지방자치단체 또는 복합개발시행자가 학교시설사업촉진법 등에 따라 본 사업부지 내 초등학교시설을 대체하는 학교시설을 재정비촉진지구 내에 설치하는 사업임 - 제6조(사업의 구조) 제3항 복합개발시행자가 지방자치단체에 학교시설 이전사업의 사업비(본 협약에서 정하는 제반 사업비용 포함)를 지급하거나 자신의 명의로 지출한 경우 위 사업비에 상응하는 금액은 지방자치단체에 지급 또는 자신의 명의로 지출한 시점을 기준으로 매매목적토지의 매매대금의 일부인 선수금으로 지급한 것으로 봄 ○ 용지매매계약서 - 제3조(매매대금에 포함될 제반 사업비용) 제1항 당사 또는 당사의 출자자가 도시개발사업의 추진과 관련하여 지출한 제반비용 중 지 방자치단체의 요청에 따라 지출한 비용 또는 당사가 지출한 사업비로 지방자치단체가 인정한 비용(이하 ‘선 집행비용’)은 잔금 지급시 당 사가 잔금으로 지급한 것으로 보며, 이에 따라 당사는 잔금 지급시 제1조 제2항에 규정한 잔금에서 선 집행비용을 차감한 후 나머지 금액을 지급함으로써 잔금의 지급을 완료한 것으로 봄 2. 질의내용 ○ 당사가 지방자치단체를 대리하여 ‘본 사업부지’내에 있는 초등학교 시설을 다른 부지로 이전하기 위한 초등학교부지 조성공사(철거 및 잔재 처리 공사)에 대하여 하청업체와 공사진행도에 따라 공사대금을 지급하는 조건의 철거공사계약을 체결하고 공사대금 지급분에 대한 매입세금계산서를 수취한 경우 매입세액공제 여부 3. 관련법령 ○ 부가가치세법 제4조 【과세대상】 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다. 1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급 2. 재화의 수입 ○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다. 1. 역무를 제공하는 것 2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것 ② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】 ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다. <개정 2014.1.1> 1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) 2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액 ② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. ③ 제1항제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. ○ 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】 ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액 7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 ○ 서삼46015-11888, 2002.11.07 사업자가 토지조성용역을 제공하는 경우, 이에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것이며, 이 경우 용역제공 대가의 일부를 조성된 토지로 지급받더라도 동일한 것임. ○ 부가22601-227, 1996.02.03 온천관광지개발 사업자가 개발대상의 토지를 그 소유자와 신탁약정에 의해 온천관광부지로 조성, 개발하는 용역을 제공하고 그 대가로 용역제공완료 후 개발된 토지를 받는 경우에는 부가가치세법 제7조 제1항 규정에 의해 부가가치세가 과세되는 것이며, 이와 관련된 매입세액은 자기의 매출세액에서 공제받을 수 있는 것임.